分子对接与分子动力学模拟的区别

术语与原理

对接在有限构象空间中搜索配体姿态并评分；分子动力学根据力场计算原子随时间的运动轨迹。

适用场景

• 虚拟筛选
• 结合模式分析
• 复合物稳定性评估
• 实验结果解释

方法与流程

1. 1.准备蛋白与配体结构
2. 2.完成对接和构象筛选
3. 3.选择代表性复合物
4. 4.建立动力学体系
5. 5.分析轨迹

常见误区

• 把对接分数当作实验亲和力
• 忽略蛋白构象变化
• 未检查体系平衡和轨迹收敛

常见问题