服务概览
分子动力学模拟
模拟生物大分子体系在原子水平的动态行为，揭示构象变化和相互作用机制。 项目将结合研究目标、样品条件和所需交付参数进行方案评估，并在实验或计算执行过程中保留必要的质量控制和结果解释信息。
高性能 GPU 计算集群主流分子动力学模拟引擎轨迹可视化和统计分析工具
计算辅助药物设计
分子动力学模拟
Molecular Dynamics Simulation
应用领域
应用领域
01 蛋白构象变化与变构调控研究
02 配体结合自由能计算
03 蛋白稳定性与折叠分析
04 膜蛋白与脂质双分子层模拟
05 蛋白-蛋白相互作用动态分析
06 溶剂效应与离子环境评估
技术方法
技术方法
01
体系构建与参数化
- 蛋白-配体复合物三维结构准备
- 力场参数选择与分配
- 溶剂化模型构建与离子平衡
02
模拟执行与调控
- 能量最小化与体系预平衡
- 恒温恒压系综模拟设置
- 周期性边界条件优化
03
轨迹分析与解读
- RMSD/RMSF 构象变化分析
- 氢键与疏水相互作用识别
- 自由能图谱与主成分分析
服务信息
服务信息
样品要求
- 提供蛋白或蛋白-配体复合物结构
- 说明模拟目的和关键残基信息
- 注明突变或修饰位点（如有）
- 预期模拟时长与采样需求
周期与质控
标准模拟项目 10-30 个工作日，具体取决于体系大小和模拟时长要求。
- 体系平衡状态验证
- 多次独立模拟重复
- 关键参数收敛性分析
- 模拟过程可复现性保证
交付结果
可交付结果
- 项目方案与关键参数说明
- 原始数据或计算结果文件
- 质量控制与结果汇总
- 结果解释与后续建议
常见问题
常见问题
分子动力学模拟适合哪些项目？
分子动力学模拟可根据样品、靶点和研究目标进行方案配置，具体以项目评估结果为准。
项目周期如何确定？
当前页面提供的参考周期为标准模拟项目 10-30 个工作日，具体取决于体系大小和模拟时长要求，实际周期会根据样品状态和实验方案确认。
需要提前准备哪些材料？
提供蛋白或蛋白-配体复合物结构；说明模拟目的和关键残基信息；注明突变或修饰位点（如有）；预期模拟时长与采样需求