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服务流程示例

环肽与多肽发现

围绕候选多肽的生成、合成、亲和力验证和模拟分析,安排计算、实验与图件交付。

序列设计合成质控SPR 与模拟分析

方案总览

从候选生成到实验与机制分析

把序列设计、样品制备、SPR 验证和模拟绘图安排在同一条记录链中,每一阶段的输出都进入下一步判断。

A

从头生成靶向线性肽 / 环肽序列

根据研究问题选择序列生成或已有序列优化入口,再衔接后续合成、验证和分析。

B

靶向多肽随机位点突变增加亲和力

根据研究问题选择序列生成或已有序列优化入口,再衔接后续合成、验证和分析。

C

实验与机制分析

用样品质量、结合响应和动态轨迹补充候选判断,并整理为可复核图件。

服务流程

四个阶段,沿着同一份记录推进

计算阶段确定进入合成的候选,合成与质控提供可检测的多肽样品,SPR 记录结合信号,模拟分析把结构和轨迹整理成科研图件。

  1. 01 / A

    序列设计与筛选

    生成候选序列,计算参数并完成排序。

    阶段输出

    候选序列、参数记录和合成顺序

  2. 02 / B

    多肽合成与质控

    按排序制备线性肽或环肽,记录结构和质量。

    阶段输出

    多肽成品、批次信息和质检记录

  3. 03 / C

    SPR 实验验证

    设置浓度梯度,记录结合与解离并完成拟合。

    阶段输出

    传感曲线、动力学参数和重复性记录

  4. 04 / D

    模拟绘图分析

    分析结合构象、轨迹和能量变化,整理科研图件。

    阶段输出

    结构图、轨迹分析和整合报告

记录关系

上一阶段的材料决定下一阶段的输入

候选序列进入合成,成品进入结合测量,测量结果再与结构和轨迹放在一起分析。每个阶段都保留对应的原始记录。

01 / A
候选序列、参数记录和合成顺序
02 / B
多肽成品、批次信息和质检记录
03 / C
传感曲线、动力学参数和重复性记录
04 / D
结构图、轨迹分析和整合报告

计算设计

多肽序列设计与候选筛选

从靶点和锚点出发生成 1000 条线性肽或环肽序列,为每条序列计算亲和力、疏水性、等电点和能量评分,再按综合评价排出进入合成阶段的 Top 5。

靶蛋白锚点、候选骨架生成、序列扩展和结构筛选的流程图
图示从靶蛋白锚点开始,经过骨架生成、序列扩展和结构分析,把候选按结合亲和力排列。

CANDIDATE REGISTER

候选序列参数记录

版式示意

展示 100 条数据记录,前 5 条以高亮行标出。

序列、评分与建议排序
候选编号氨基酸序列综合评分疏水性等电点建议排序
P-018ACFVKYLRGWPK0.284-0.728.6301
P-127GWLKAFCPRVMN0.301-0.587.9402
P-243RYCFLKPWAVGT0.317-0.428.2103
P-386VYRWCGKLPATF0.329-0.377.6804
P-412KLPWAFYCRVGT0.341-0.298.0505
P-0006ITAMVWWAVGTT0.346-0.286.870006
P-0007TNAQCRNNPWDE0.347-0.286.880007
P-0008GHALGVFDINCV0.348-0.286.900008
P-0009RRQGDAVQDNIF0.348-0.286.910009
P-0010ELQKHEMFVFQN0.349-0.286.920010
P-0011PVQFMHTSPVYW0.350-0.286.930011
P-0012RPQARLLQIMGP0.351-0.286.940012
P-0013EIQENPDFDENY0.352-0.286.960013
P-0014PSQYSKSSVTVH0.353-0.276.970014
P-0015CMQSYNKHPLEA0.353-0.276.980015
P-0016MGQWERCVIDDI0.354-0.276.990016
P-0017PQQRAVRKDDKR0.355-0.277.000017
P-0018CKHMFAIHVSRC0.356-0.277.020018
P-0019MTHQKEAVPKAS0.357-0.277.030019
P-0020YNHLPYQKICHD0.358-0.277.040020
P-0021KHHGLDHYDRPL0.358-0.277.050021
P-0022VRHKQGPMFIWT0.359-0.277.060022
P-0023YLHFVKGCYAFM0.360-0.267.080023
P-0024KFHACNWYRQEV0.361-0.267.090024
P-0025VPHEWRNMLQLF0.362-0.267.100025
P-0026HIHYDVFCFHSW0.363-0.267.110026
P-0027SSYSHQVPYYCG0.363-0.267.120027
P-0028FMYWMTMERPIP0.364-0.267.140028
P-0029HGYRRYERLGQY0.365-0.267.150029
P-0030SQYMNDTPFWYQ0.366-0.267.160030
P-0031FKYQSGLEYNGA0.367-0.267.170031
P-0032QEYLYKDRRFFI0.368-0.257.180032
P-0033DNYGEFKGLFMR0.368-0.257.200033
P-0034FHYKAICTFVTK0.369-0.257.210034
P-0035QRYFFMRRYMDS0.370-0.257.220035
P-0036DLPAKQIGREKD0.371-0.257.230036
P-0037NFPEPTATLTRT0.372-0.257.240037
P-0038APPYLYQIFLAE0.373-0.257.260038
P-0039LIPSQDHWYDYM0.373-0.257.270039
P-0040NDPWVWYLRSGV0.374-0.257.280040
P-0041AMPRCCPILSNN0.375-0.247.290041
P-0042LGPMWFGWFKVW0.376-0.247.300042
P-0043WAPQDINLYCEG0.377-0.247.320043
P-0044IKPLHMFACRLP0.378-0.247.330044
P-0045LEGGMQVNTISH0.378-0.247.340045
P-0046WNGKILMDNACQ0.379-0.247.350046
P-0047IHGFNPEAHQAA0.380-0.247.360047
P-0048TCGASSTNCHHR0.381-0.247.380048
P-0049GLGEYWLDTHPC0.382-0.247.390049
P-0050RFGYTCDQNYWK0.383-0.237.400050
P-0051TYGSAFSFHPFS0.383-0.237.410051
P-0052GIGWFIKSCGML0.384-0.237.420052
P-0053RDGRKECQTWTT0.385-0.237.440053
P-0054EMWMGHIFNNDE0.386-0.237.450054
P-0055PGWQLLASHFCM0.387-0.237.460055
P-0056CAWLQPQHCVIF0.387-0.237.470056
P-0057EKWGVSHVTVQN0.388-0.237.480057
P-0058PEWKCWYKNMYW0.389-0.237.500058
P-0059CWWFWRPHHEGP0.390-0.237.510059
P-0060MHWADVGVCTNY0.391-0.227.520060
P-0061YCWEHAWKTLVH0.392-0.227.530061
P-0062CLWYMENYNDEQ0.392-0.227.540062
P-0063MFNSIHFMHSDI0.393-0.227.560063
P-0064YYNWNLVCCKKR0.394-0.227.570064
P-0065KINRSPEYTKRC0.395-0.227.580065
P-0066VDNMYKTMWCAK0.396-0.227.590066
P-0067HVNQTNLCQRHD0.397-0.227.600067
P-0068KGNLARDPKIPL0.397-0.227.620068
P-0069VANGFVSEEAWT0.398-0.217.630069
P-0070HKNKKAKCWQVM0.399-0.217.640070
P-0071SENFGECPQHEV0.400-0.217.650071
P-0072FWFALYREKYLF0.401-0.217.660072
P-0073QHFEQDIREYSN0.402-0.217.680073
P-0074SCFYVGAGWPCG0.402-0.217.690074
P-0075FTFSRKHTQGIP0.403-0.217.700075
P-0076QFFWWNYRKWQY0.404-0.217.710076
P-0077DYFRDRPGENYH0.405-0.217.720077
P-0078NIFMHVGTWFWA0.406-0.207.740078
P-0079QDFQEQWIQVFI0.407-0.207.750079
P-0080DVFLITNWKMMR0.407-0.207.760080
P-0081NGVGNYFLEMTK0.408-0.207.770081
P-0082AAVKSDVIWEDS0.409-0.207.780082
P-0083LSVFPGMWQTKD0.410-0.207.800083
P-0084WEVATKELKLRL0.411-0.207.810084
P-0085AWVEAFTAEDAE0.412-0.207.820085
P-0086LQVYFIDNWSYM0.412-0.207.830086
P-0087WCVSKMSDAKGV0.413-0.197.840087
P-0088ITVWGQKASCNF0.414-0.197.860088
P-0089TFVRLTCNMCVW0.415-0.197.870089
P-0090WYMMQYRDGREG0.416-0.197.880090
P-0091IRMQVDIQAILP0.417-0.197.890091
P-0092TDMLRWAFSASH0.417-0.197.900092
P-0093GVMGWCQSMQCQ0.418-0.197.920093
P-0094RPMKDFHQGHAA0.419-0.197.930094
P-0095EAMFHIYFAYHI0.420-0.197.940095
P-0096GSMAEMPSSPPC0.421-0.187.950096
P-0097REMEIQWHMPWK0.422-0.187.960097
P-0098EWMYNLNVGGFS0.422-0.187.980098
P-0099PQESSPFKAWMD0.423-0.187.990099
P-0100CCEWPSVHSNTT0.424-0.188.000100

筛选检查带

结构前提、参数记录和候选顺序放在同一份记录中。

结构与位点
A1
从靶点和锚点开始,确认候选设计所依据的结合位置。
序列参数
A2
为每条序列整理亲和力、疏水性、等电点和能量评分。
候选排序
A3
综合多项指标安排优先级,确定进入合成阶段的 Top 5。

合成质控

优势多肽合成与质量控制

选择排序前 5 名序列进行合成,环肽采用首尾环化。每条成品规格为 5 mg、纯度 >90%。如果某条环化失败,按排序依次补做,直到完成 5 个环肽。

DELIVERY RECORD

合成与质控交付单

  1. 01

    Top 5 结构确认

    选择排序前 5 名序列,环肽采用首尾环化。

  2. 02

    样品制备

    交付 5 条优势多肽成品,5 mg / 条。

  3. 03

    出厂检验

    记录批号、外观、储存条件和保质期。

  4. 04

    质量控制

    保留 HPLC、质谱及纯度结果,标准 >90%。

Top 5 优势序列环肽首尾环化5 mg / 条纯度 >90%
固相多肽合成循环以及裂解纯化步骤图
循环图依次展示树脂装载、脱保护、偶联、洗涤、裂解和纯化,最后得到多肽成品。
从树脂负载到线性肽裂解和首尾环化的路径图
路径图显示树脂上的线性肽经过裂解,再通过首尾反应闭合为环肽。

实验验证

SPR 结合动力学检测与拟合

针对 5 条合成多肽设置多浓度梯度,记录结合与解离阶段的响应信号,通过模型拟合计算亲和力和结合、解离速率,并完成 3 次重复实验。

多组检测条件下多肽结合与解离的 SPR 响应曲线
六组传感图按时间记录响应变化,不同颜色对应不同检测条件。进样后曲线上升,停止进样后逐步回落。
不同浓度条件下 SPR 实测曲线与拟合曲线
两组曲线把多种浓度条件放在同一坐标中,实测曲线与拟合线的贴合程度用于查看拟合情况。

ka

结合速率

kd

解离速率

KD

平衡亲和力

结果阅读

把响应、参数和重复记录放在一起看

亲和力参数需要和响应曲线、对照体系、拟合质量及重复性记录一起阅读。

响应曲线
比较不同浓度下的结合上升和解离回落。
拟合参数
结合 ka、kd 和 KD 观察动力学关系。
质量记录
核对空白、参比、重复进样和拟合残差。

模拟分析

分子动力学模拟与科研绘图分析

把结合构象、残基接触、模拟体系和自由能变化放在同一份分析记录中,整理出可用于科研沟通的结构结论和图件。

多肽与靶蛋白在结合口袋中的三维构象 结合口袋残基接触和二维作用路径图 分子动力学模拟中蛋白复合物的着色构象 溶剂层穿越和接触状态对应的 PMF 能量曲线
组合图从左到右展示三维结合构象、残基接触、模拟体系构象和 PMF 曲线,分别对应空间位置、局部相互作用、体系状态和距离变化。

ANALYSIS LOG

三段分析记录

每一段都对应一类图件和可复核的数值记录。

  1. 1

    结构复核

    从结合构象和关键残基接触开始,确认后续模拟要观察的区域。

  2. 2

    轨迹分析

    查看复合物构象、局部波动、相互作用和能量随时间的变化。

  3. 3

    图件整理

    把结构、轨迹和能量结果排成便于科研沟通的图件。

成果交付

技术档案与数据目录

交付目录把序列、样品、实验数据、模拟结果和科研图件放在同一条项目记录中。

  1. 01

    序列与排序

    候选序列及参数表

    交付 1000 条线性肽或环肽序列,附亲和力、疏水性、等电点和能量评分,并列出 Top 5 优先级。

  2. 02

    样品与质控

    多肽成品与检验记录

    提供 5 条优势多肽成品、批号、外观、储存条件、保质期、HPLC、质谱和纯度记录。

  3. 03

    实验数据

    SPR 原始与拟合数据

    保留多浓度响应曲线、结合与解离信号、拟合结果和 3 次重复实验记录。

  4. 04

    结构与模拟

    结合构象与轨迹分析

    整理三维结合模式、关键残基、RMSD、RMSF、氢键、自由能和稳定性分析。

  5. 05

    科研表达

    整合报告与编辑图件

    汇总候选序列、突变位点、样品信息、实验结果、模拟分析和科研绘图材料。

文件组织:序列、样品、原始数据和分析图件按阶段编号,方便查找和继续实验。

项目咨询

从已有材料确认服务组合

提供靶点信息、已有序列或抗原材料后,可以确认候选生成、样品制备、结合验证和模拟分析的安排。

咨询时可一并说明目标分子、已有数据和计划使用的验证方式。

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